Hello, je vois que tu as ajouté renv à la routine cool ! Mais pour quelle raison ajouter la condition d'installation sur Linux uniquement ? Est-ce qu'il y a des problèmes avec le fait des restaurer l'environnement sur Mac ou windows ?

By BARTHOLUS Lise on 2024-01-04T08:45:08 (imported from GitLab)

Hello, oui c'est ça, on a pas réussi à faire marcher renv::restore() sur le Windows de Benoît du coup j'ai ajouté ça ! Pour Mac comme c'est "unix" ça devrait aussi essayer renv mais personne n'a testé.

By GUERBER Josquin on 2024-01-05T09:35:10 (imported from GitLab)

Ok ça marche, bizarre qu'il y ait des problèmes sur windows, c'est embêtant comme l'objectif du package c'est quand même d'améliorer la reproductibilité 😆 En tout cas j'ai testé de faire tourner la routine sur le cluster en utilisant renv et ça fonctionne, ça permet à priori de charger tous les packages même ceux non disponibles sur le cluster (pratique), ce qui donne un accès à un OS linux à tout le monde, c'est cool (il faut juste restaurer l'environnement depuis les login nodes avant de lancer la routine je pourrai te donner plus de détails si tu veux essayer)

By BARTHOLUS Lise on 2024-01-09T08:50:30 (imported from GitLab)

Ouais c'est louche cette histoire 😅

Trop cool que ça marche sur le cluster du MNHN, j'ai pas encore essayé pour le cluster de Jussieu mais je vais m'y mettre bientôt :)

By GUERBER Josquin on 2024-01-09T09:00:14 (imported from GitLab)

Ah non pardon j'ai pas précisé mais j'ai testé sur le cluster de jussieu ^^ Et justement il y a eu une petite subtilité avec des libraries (nécessaires au moment de restaurer l'env) disponibles que sur les login nodes et non sur les log de calcul du coup il faut faire un Rscript -e "renv::restore()" depuis le login node (dans le directory avec le renv.lock). C'est le seul moyen que j'ai trouvé pour l'instant en tout cas (j'ai contacté le support), on pourra en rediscuter si tu le lances sur le cluster aussi !

By BARTHOLUS Lise on 2024-01-09T09:20:15 (imported from GitLab)

Ah bah trop bien !

Oui c'était ce que le support m'avait dit de faire pour un autre projet aussi.

By GUERBER Josquin on 2024-01-09T09:31:16 (imported from GitLab)

Ok bon bah parfait c'est sans doute le seul moyen avec renv pour l'instant alors, merci !

By BARTHOLUS Lise on 2024-01-09T10:25:52 (imported from GitLab)